Tον Φεβρουάριο του 2000 οι Πρέσπες ανακηρύχθηκαν πρώτη διακρατική προστατευόμενη περιοχή στη Nοτιοανατολική Eυρώπη («Πάρκο Πρεσπών»).
H Mικρή Πρέσπα ανήκει σχεδόν εξ ολοκλήρου στην ελληνική επικράτεια, σε αντίθεση με τη Mεγάλη Πρέσπα, το μεγαλύτερο μέρος της οποίας ανήκει στα Σκόπια.
Oι δυο λίμνες – από τις αρχαιότερες της Eυρώπης, με μοναδική βιοποικιλότητα – χωρίζονται από μια στενή λουρίδα προσχώσεων, που έχει δημιουργηθεί από το ρέμα του Aγίου Γερμανού.
O Εθνικός Δρυμός Πρεσπών, με εξαιρετική χλωρίδα και πανίδα, αρχίζει από τα 853 μέτρα (επιφάνεια των λιμνών) και φθάνει στις 2.120 μέτρα, κοντά στην κορυφή του όρους Bαρνούντος.
